该检查操作简便、视野清晰、检查时间短、创伤小，患者耐受性好。电子肛门镜尤其擅长痔疮（内痔）的诊断与分度，可清楚观察痔核大小、出血及脱出程度；
同时可用于肛裂的深度与范围评估，以及直肠黏膜脱垂、糜烂、溃疡、直肠息肉、下段直肠肿瘤、肛乳头肥大、肛瘘内口、血栓性外痔及肛隐窝炎等病变的检查。
肛门镜可以检查这些肛门疾病
1、痔疮：如观察肛门内痔与外痔是否有炎症性改变，是否有增大、表面糜烂、出血等情况；
2、直肠黏膜：观察是否有严重的松弛、脱垂，以及是否有糜烂、溃疡等炎症性疾病；
3、直肠下段：观察是否存在肿物，如直肠息肉、恶性肿瘤等炎症性疾病或占位性疾病；
4、痔核的程度：用肛门镜最容易诊断的疾病是肛门病中数量最多的内痔核。可以清楚地观察内痔核的大小、是否出血、能不能脱出肛门外，发展程度如何。 最重要的是可以检查是否能脱出，因为插入肛门后猛地抽出，使痔核拉张，可以检查痔核的脱出程度；
5、肛裂程度:肛门镜在肛裂的确诊上也是不可缺的。什么地方肛裂，肛裂有多深，周边是否有病变，有没有肛门息肉，如果有，发展到什么程度；
6、其它方面：观察肛乳头是否肥大，能否看到肛瘘内口，以及外痔是否有血栓性改变，肛隐窝是否有炎症性改变等。